O Alto Tietê mantém três sedes na Copa São Paulo de Futebol Júnior sediando jogos da competição em 2025: Itaquaquecetuba, Suzano e Mogi das Cruzes.
A novidade desta 55ª edição é a ausência do União Mogi, que pela primeira vez em nove anos não representará sua cidade no torneio.
Em Itaquaquecetuba, o Campo do Brasil receberá os jogos do Grupo 28, tendo como destaque o Aster Brasil, sensação da última edição ao chegar às quartas de final após eliminar o então bicampeão Palmeiras. O clube-empresa, fundado em 2023, divide a chave com Vila Nova-GO, Dourados-MS e Falcon-SE.
Suzano, cidade com maior experiência em receber a competição na região – são 15 edições, sediará o Grupo 24 no estádio Suzanão. O União Suzano, em sua sexta participação consecutiva, buscará sua primeira classificação para a segunda fase, tendo como adversários Avaí-SC, Red Bull Bragantino-SP e União Araguainense-TO.
Já Mogi das Cruzes, mesmo sem representante local, receberá jogos do Grupo 23 no estádio Nogueirão, tendo como mandante o EC São Bernardo. O grupo conta ainda com a presença do Flamengo, tetracampeão da competição, além de Zumbi-AL e Cruzeiro-PB.
